【3回戦】 2016年7月21日（木）
雨天中止となった8試合は、明日（22日）に順延。
| 時間 | 一塁側 | コメント | 三塁側 |
| サーティーフォー保土ヶ谷球場 【生中継】 tvk 11:00～ |
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| 11:00 | 第2シード 桐光学園 |
中止 | 厚木北 |
| 14:30 | 茅ヶ崎 | 中止 | 横浜創学館 |
| バッティングパレス相石スタジアムひらつか 【生中継】 県内CATV 10:45～ |
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| 11:00 | 第2シード 横浜隼人 |
中止 | 法政二 |
| 15:00 | 氷取沢 | 1-6 | 橘学苑 |
| 大和スタジアム | |||
| 12:30 | 山手学院 | 8-1 | 百合丘 |
| 15:30 | 向上 | 7-0 | 戸塚 |
| サーティーフォー相模原球場 | |||
| 11:00 | 第1シード 藤沢翔陵 |
中止 | 山北 |
| 14:30 | 横浜平沼 | 3-7 | 横浜緑ヶ丘 |
| 横須賀スタジアム | |||
| 12:30 | 第3シード 光明相模原 |
中止 | 星槎国際湘南 |
| 15:00 | 茅ヶ崎西浜 | 7-1 | 秦野総合 |
| 小田原球場 | |||
| 11:00 | 第3シード 菅 |
中止 | 相模田名 |
| 13:30 | 綾瀬 | 4-7 | 藤沢清流 |
| 俣野公園横浜薬大スタジアム | |||
| 11:00 | 第3シード 大師 |
中止 | 湘南 |
| 13:30 | 県商工 | 中止 | 伊志田 |
第98回全国高校野球選手権神奈川大会 組み合わせ
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◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
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