【1・2回戦】 2016年7月16日（土）
| 時間 | 一塁側 | スコア | 三塁側 |
| サーティーフォー保土ヶ谷球場 【生中継】 tvk 11:00～ |
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| 11:00 | 県相模原 | 9-1 | 座間 |
| 13:30 | 藤沢総合 | 0-10 | 横浜桜陽 |
| バッティングパレス相石スタジアムひらつか 【生中継】 県内CATV 10:45～ |
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| 11:00 | 第1シード 日大 |
11-1 | 津久井浜 |
| 13:30 | 釜利谷・永谷 臨海・明光 |
0-2 | 麻生総合 |
| 大和スタジアム | |||
| 11:00 | 第3シード 川崎北 |
11-0 | 七里ガ浜 |
| 13:30 | 厚木 | 7x-6 （延長12回） |
綾瀬西 |
| サーティーフォー相模原球場 | |||
| 11:00 | 第2シード 東海大相模 |
10-0 | アレセイア |
| 13:30 | 瀬谷 | 8-1 | 大和南 |
| 横須賀スタジアム | |||
| 1回戦 9:00 |
秦野総合 | 6x-5 | 逗葉 |
| 11:30 | 第3シード 平塚学園 |
8-0 | 秦野曽屋 |
| 14:00 | 港北 | 0-8 | 麻溝台 |
| 藤沢八部球場 | |||
| 11:00 | 寒川 | 2-7 | 上溝南 |
| 13:30 | 川崎工科 | 2-0 | 旭丘 |
| 秦野球場 | |||
| 11:00 | 保土ヶ谷 | 6-7 | 横須賀大津 |
| 13:30 | 神奈川大付 | 0-1 | 住吉 |
| 小田原球場 | |||
| 11:00 | 荏田 | 2-6 | 柏陽 |
| 13:30 | 湘南工大付 | 1-4 | 日大藤沢 |
| いせはらサンシャイン・スタジアム | |||
| 11:00 | 東 | 0-11 | 市ヶ尾 |
| 13:30 | 小田原 | 3-4 | 鎌倉学園 |
| 俣野公園横浜薬大スタジアム | |||
| 11:00 | 第3シード 藤嶺藤沢 |
7-4 | 横須賀総合 |
| 13:30 | 生田東 | 2-12 | 横浜翠嵐 |
第98回全国高校野球選手権神奈川大会 組み合わせ
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◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
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