【1・2回戦】 2016年7月14日（木）
| 時間 | 一塁側 | スコア | 三塁側 |
| サーティーフォー保土ヶ谷球場 【生中継】 tvk 11:00～ |
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| 11:00 | 横浜商大 | 6-7x | 横浜創学館 |
| 13:30 | 横浜明朋 | 0-10 | 伊志田 |
| バッティングパレス相石スタジアムひらつか 【生中継】 県内CATV 10:45～ |
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| 11:00 | 県商工 | 10-0 | 高浜・大井 |
| 13:30 | 茅ヶ崎北陵 | 13-4 | 平塚農業 |
| 横浜スタジアム | |||
| 2回戦 11:00 |
第1シード 慶應義塾 |
11-1 | 川崎商業 |
| 2回戦 13:30 |
海老名 | 14-1 | 横浜清陵総合 |
| 大和スタジアム | |||
| 11:00 | 厚木北 | 11-1 | 大和 |
| 13:30 | 追浜 | 2-3x | 城郷 |
| サーティーフォー相模原球場 | |||
| 11:00 | 相模原総合 | 9x-8 | 霧が丘 |
| 13:30 | 相模田名 | 5-2 | 新栄 |
| 横須賀スタジアム | |||
| 11:00 | 有馬 | 0-9 | 湘南学院 |
| 13:30 | 関東学院 | 3-1 | 麻布大付 |
| 藤沢八部球場 | |||
| 11:00 | 藤沢西 | 8-0 | 藤沢工科 |
| 13:30 | 多摩 | 1-8 | 湘南 |
| 秦野球場 | |||
| 11:00 | 厚木西 | 3-4x | 茅ヶ崎西浜 |
| 13:30 | 秦野総合 | 3-3 【再試合】 |
逗葉 |
| 小田原球場 | |||
| 11:00 | 足柄 | 0-9 | 星槎国際湘南 |
| 13:30 | 中大横浜 | 2-6 | 横浜平沼 |
| いせはらサンシャイン・スタジアム | |||
| 11:00 | 茅ヶ崎 | 7-0 | 相原 |
| 13:30 | 橘 | 3-1 | 湘南台 |
| 俣野公園横浜薬大スタジアム | |||
| 11:00 | 希望ヶ丘 | 5-11 | 藤沢清流 |
| 2回戦 13:30 |
金井 | 7-6 | 秦野 |
第98回全国高校野球選手権神奈川大会 組み合わせ
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◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
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