【1回戦】 2016年7月13日（水）
| 時間 | 一塁側 | スコア | 三塁側 |
| サーティーフォー保土ヶ谷球場 【生中継】 tvk 11:00～ |
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| 11:00 | 氷取沢 | 9-2 | 大楠 |
| 13:30 | 橘学苑 | 5-1 | 磯子 |
| バッティングパレス相石スタジアムひらつか 【生中継】 県内CATV 10:45～ |
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| 11:00 | 岸根 | 2-5 | 平塚工科 |
| 13:30 | 平塚湘風 | 4-11 | 平塚江南 |
| 大和スタジアム | |||
| 11:00 | 横須賀 | 11-2 | 愛川 |
| 13:30 | 逗子開成 | 5-2 | 横浜翠陵 |
| サーティーフォー相模原球場 | |||
| 11:00 | 相模原中等 | 6-2 | 市川崎 |
| 13:30 | 城山 | 5-8 | 百合丘 |
| 横須賀スタジアム | |||
| 11:00 | 三浦学苑 | 3-0 | 川崎総合科学 |
| 13:30 | 金沢 | 6-9 | 山手学院 |
| 藤沢八部球場 | |||
| 11:00 | 湘南学園 | 7-8 | 生田 |
| 13:30 | サレジオ学院 | 2-8 | 向の岡工業 |
| 秦野球場 | |||
| 11:00 | 橋本 | 14-1 | 伊勢原 |
| 13:30 | 神奈川総産 | 1-7 | 横須賀学院 |
| 小田原球場 | |||
| 11:00 | 二宮 | 3-10 | 元石川 |
| 13:30 | 逗子 | 12-2 | 吉田島総合 |
| いせはらサンシャイン・スタジアム | |||
| 11:00 | 大和西 | 3-5 | 瀬谷西 |
| 13:30 | 柏木学園 | 4-3 | 鶴見大付 |
| 俣野公園横浜薬大スタジアム | |||
| 11:00 | 南 | 3-4 | 横浜商業 |
| 13:30 | 神奈川工業 | 4-2 | 秀英 |
第98回全国高校野球選手権神奈川大会 組み合わせ
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◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
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