【1回戦】 2016年7月12日（火）
| 時間 | 一塁側 | スコア | 三塁側 |
| サーティーフォー保土ヶ谷球場 【生中継】 tvk 11:00～ |
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| 11:00 | 横浜旭陵 | 1-4 | 横浜翠嵐 |
| 13:30 | 横須賀大津 | 7-6
（延長15回） |
新城 |
| バッティングパレス相石スタジアムひらつか 【生中継】 県内CATV 10:45～ |
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| 11:00 | 七里ガ浜 | 5-1 | サイエンス |
| 13:30 | 横浜学園 | 3-7 | 綾瀬西 |
| 大和スタジアム | |||
| 11:00 | 大和南 | 5-1 | 海洋科学 |
| 13:30 | 上溝南 | 3-2 | 旭 |
| サーティーフォー相模原球場 | |||
| 11:00 | 柏陽 | 7-0 | 上溝 |
| 13:30 | 麻溝台 | 3-1 | 鶴嶺 |
| 横須賀スタジアム | |||
| 11:00 | 桜丘 | 3-4 | 津久井浜 |
| 13:30 | 横須賀総合 | 6-4 | 鶴見 |
| 藤沢八部球場 | |||
| 11:00 | 慶応藤沢 | 9-19 | 鎌倉学園 |
| 13:30 | 日大藤沢 | 3-0 | 西湘 |
| 秦野球場 | |||
| 11:00 | 市ヶ尾 | 3-0 | 厚木東 |
| 13:30 | 森村学園 | 2-8 | 秦野 |
| 小田原球場 | |||
| 11:00 | 相洋 | 2-3x （延長14回） |
秦野曽屋 |
| 13:30 | 舞岡 | 7-9 | 旭丘 |
| いせはらサンシャイン・スタジアム | |||
| 11:00 | 上鶴間 | 2-7 | アレセイア |
| 13:30 | 高津 | 0-3 | 座間 |
| 俣野公園横浜薬大スタジアム | |||
| 11:00 | 横浜桜陽 | 8-0 | 大磯 |
| 13:30 | 深沢 | 2-9 | 住吉 |
第98回全国高校野球選手権神奈川大会 組み合わせ
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◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
◎第1シード ○第2シード △第3シード ☆選手宣誓
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