【3回戦】 2016年9月10日（土）
| 時間 | 一塁側 | スコア | 三塁側 |
| サーティーフォー保土ヶ谷球場 | |||
| 10:00 | 法政二 | 5-6 延長10回 |
横浜 |
| 12:30 | 桐蔭学園 | 0-5 | 横浜隼人 |
| バッティングパレス相石スタジアムひらつか | |||
| 10:00 | 平塚学園 | 3x-2 | 藤沢翔陵 |
| 12:30 | 相洋 | 8-0 | 横須賀総合 |
| サーティーフォー相模原球場 | |||
| 10:00 | 東海大相模 | 8-1 | 生田東 |
| 12:30 | 湘南 | 3-9 | 慶應義塾 |
| 横須賀スタジアム | |||
| 10:00 | 桐光学園 | 14-8 | 湘南学院 |
| 12:30 | 住吉 | 0-3 | 三浦学苑 |
| 秦野球場 | |||
| 10:00 | 横浜商大 | 4-3 | 大和 |
| 12:30 | 桜丘 | 3x-2 | 海老名 |
| 小田原球場 | |||
| 10:00 | 立花学園 | 9-6 | 日大 |
| 12:30 | 星槎国際湘南 | 4-4 延長15回 引き分け再試合 |
鎌倉学園 |
| いせはらサンシャイン・スタジアム | |||
| 10:00 | 日大藤沢 | 13-5 | 厚木 |
| 12:30 | 向上 | 9-0 | 大師 |
| 俣野公園横浜薬大スタジアム | |||
| 10:00 | 神奈川工業 | 0-5 | 藤嶺藤沢 |
| 12:30 | 戸塚 | 1-4 | 横浜創学館 |
2016年秋季神奈川県大会 組み合わせ
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